Գրականության փոխանակում. Արևմտյան Աֆրիկայում վայրի մանր կաթնասունների վիրուսային պրոֆիլավորումը բացահայտում է նոր վիրուսներ և զոոնոտիկ ռիսկեր

Վերջերս հրապարակված ուսումնասիրությունըՄիկրոբիոմիրականացրել է վիրուսային մետագենոմիկ վերլուծություն Սիեռա Լեոնեում, Արևմտյան Աֆրիկայում հավաքված 846 վայրի փոքր կաթնասունների, այդ թվում՝ չղջիկների, կրծողների և շնիկների վրա: Ուսումնասիրության ընթացքում հայտնաբերվել է կաթնասունների հետ կապված ընդհանուր 39 ՌՆԹ վիրուս, որոնցից 26-ը նոր և 13-ը նախկինում հայտնի վիրուսներ են: Դրանց թվում Paramyxoviridae ընտանիքը ցուցաբերել է ամենաբարձր բազմազանությունը, մինչդեռ կրծողները կրում էին վիրուսային տեսակների ամենամեծ քանակը (n = 26):

Կենդանաբանական ռիսկի գնահատումը բացահայտեց երեք հայտնի զոոնոտիկ վիրուսներ՝ էնցեֆալոմիոկարդիտի վիրուս, Լասսա վիրուս և Ռոկահեպեվիրուսի տեսակ, ինչպես նաև երեք վիրուս, որոնք ունեն հնարավոր տարածման ռիսկ՝ Մելյան վիրուս, կրծողների հեպատիտի վիրուս և Հաննիվիրուս A: Նշենք, որ նոր հայտնաբերված վիրուսների շարքում Bat ledantevirus 2-ը ցույց տվեց ամենամոտը ֆիլոգենետիկ կապը մարդկանց վարակող Le Dantec վիրուսի հետ: Սերոլոգիական վերլուծությունը հետագայում հայտնաբերեց այս վիրուսի դեմ չեզոքացնող հակամարմիններ տեղի բնակիչների 2.8%-ի մոտ, ինչը ենթադրում է մարդկանց կողմից նախկինում վարակվածության, հավանաբար չհայտնաբերված, դեպք:

Այս արդյունքները ընդգծում են Արևմտյան Աֆրիկայում կրծողների գերակշռող վիրուսային զգալի ռեզերվուարի առկայությունը և ընդգծում են մարդ-կենդանի միջերեսում ինտեգրված հսկողության ռազմավարությունների կարևորագույն կարևորությունը: Մետագենոմիկ սկրինինգի և սերոլոգիական վավերացման համադրությունը ապահովում է ամուր հիմք զոոնոտիկ և տարածման ներուժ ունեցող վիրուսները նույնականացնելու համար:

Վերջին տասնամյակի ընթացքում մարդկանց մոտ ի հայտ եկող վարակիչ հիվանդությունների ավելի քան 60%-ը ծագել են կենդանիների ջրամբարներից, որտեղ չղջիկները, կրծողները և կռունկները համարվում են զոոնոտիկ վիրուսների հիմնական կրողները: Աֆրիկան ​​լայնորեն համարվում է զոոնոտիկ հիվանդությունների կենտրոն: Օրինակ՝ Սիեռա Լեոնեում 2014–2016 թվականների Էբոլայի բռնկման ժամանակ գրանցվել է ավելի քան 28,000 դեպք:

Չնայած այս տարածաշրջանում զոոնոտիկ հիվանդությունների զգալի բեռին, վայրի մանր կաթնասունների մոտ վիրուսների բազմազանությունն ու տարածվածությունը դեռևս բավարար չափով չեն բնութագրվել: Այս բացը լրացնելու համար հետազոտողները 2018-2023 թվականներին Սիեռա Լեոնեի երեք վայրերում որսացված 846 վայրի մանր կաթնասունների համակարգված վիրուսային վերլուծություն են անցկացրել: Ուսումնասիրության նպատակն էր բնութագրել վիրուսային բազմազանությունը, բացահայտել տեսակների միջև փոխանցման ներուժ ունեցող թեկնածուներին, գնահատել զոոնոտիկ ռիսկը և ապացույցներ ստեղծել՝ ի հայտ եկող վարակիչ հիվանդությունների վաղ նախազգուշացման համակարգերը հիմնավորելու համար:

Հիմնական մեթոդներ

Ուսումնասիրությունը կիրառել է վիրուսային մետագենոմիկայի համապարփակ աշխատանքային գործընթաց.

• Նմուշի մշակում.Սրտի, լյարդի, փայծաղի, թոքերի և երիկամների հյուսվածքները հավաքվել, միավորվել, հոմոգենացվել և ենթարկվել են ընդհանուր ՌՆԹ-ի արդյունահանման։
• Հաջորդականություն և հավաքում.Ռիբոսոմային ՌՆԹ-ի սպառումը կատարվել է գրադարանի կառուցումից առաջ, որին հաջորդել է բարձր արդյունավետությամբ հաջորդականացում՝ օգտագործելով Illumina NovaSeq 6000 հարթակը: Վիրուսային կոնտիգները հավաքվել են de novo:
• Վիրուսի նույնականացում.Վիրուսները նույնականացվել են ՌՆԹ-կախյալ ՌՆԹ պոլիմերազի (RdRp) գեների դասավորվածության հիման վրա։ Պահպանվել են միայն ողնաշարավորների հետ կապված վիրուսները՝ բացառությամբ բակտերիալ, սնկային և բուսական վիրուսների։
• Կենսաինֆորմատիկ վերլուծություն.Կատարվել են ֆիլոգենետիկ վերակառուցում, ռեկոմբինացիայի վերլուծություն, տեսակների միջև փոխանցման ցանցի մոդելավորում և զոոնոտիկ ռիսկի գնահատում։
• Սերոլոգիական վավերացում.Չղջիկների լեդանտեվիրուս 2-ի համար մշակվել է VSV-ի վրա հիմնված կեղծվիրուսի չեզոքացման մեթոդ: Մարդկային շիճուկների 2.8%-ում հայտնաբերվել են չեզոքացնող հակամարմիններ, ինչը վկայում է զոոնոտիկ փոխանցման հնարավորության մասին:
  

  ՈւսումնասիրությունԱրդյունքներ

  1. Վիրուսային հայտնաբերում և բազմազանություն

  Այս ուսումնասիրությունը տրանսկրիպտոմիկ հաջորդականության վերլուծություն է իրականացրել Սիեռա Լեոնեում հավաքված 846 վայրի կենդանիների վրա, այդ թվում՝ կրծողների, չղջիկների և շնիկների: ՌՆԹ-կախյալ ՌՆԹ պոլիմերազի (RdRp) գեների ամբողջական հաջորդականությունների հիման վրա հայտնաբերվել է կաթնասունների հետ կապված ընդհանուր 39 ՌՆԹ վիրուս, որոնցից 13-ը նախկինում հայտնի վիրուսներ են և 26-ը՝ նոր վիրուսներ:

  Վիրուսային կազմի առումով, Paramyxoviridae ընտանիքը ցուցաբերել է բազմազանության ամենաբարձր մակարդակը բոլոր երեք տերերի կարգերում, որին հաջորդում են Astroviridae-ն և Picornaviridae-ն: Տերերի բաշխման առումով, կրծողները նպաստել են ամենամեծ վիրուսային բազմազանությանը՝ ապաստան տալով ընդհանուր առմամբ 26 վիրուսային տեսակների, ինչը վկայում է նրանց կարևոր դերի մասին որպես տարածաշրջանում վիրուսային բազմազանության ռեզերվուարներ:

  2. Կենդանաբանական ռիսկ

  Կենդանաբանական ռիսկի գնահատման արդյունքում հայտնաբերվել են երեք հայտնի զոոնոտիկ վիրուսներ՝ էնցեֆալոմիոկարդիտի վիրուս, Լասսա վիրուս և Ռոկահեպեվիրուսի տեսակներ: Բացի այդ, երեք վիրուսներ՝ Մելյան վիրուս, կրծողների հեպատիտի վիրուս և Հաննիվիրուս A, նույնականացվել են որպես վարակի տարածման հավանական ռիսկ ունեցող:

  26 նոր հայտնաբերված վիրուսներից չորսը, ֆիլոգենետիկ և գենոմիկ բնութագրերի հիման վրա, կանխատեսվում էր, որ ունեն բարձր զոոնոտիկ ներուժ։ Հատկանշական է, որ Bat ledantevirus 2-ը ցույց է տվել ամենամոտիկ ֆիլոգենետիկ կապը մարդկանց վարակող հայտնի Le Dantec վիրուսի հետ։

  Հետագա սերոլոգիական հետազոտությունները հաստատեցին այս եզրակացությունը, քանի որ տեղացի բնակիչներից վերցված շիճուկների 2.8%-ում հայտնաբերվել են չղջիկների լեդանտեվիրուս 2-ի դեմ չեզոքացնող հակամարմիններ: Այս արդյունքը ենթադրում է, որ չճանաչված կամ ասիմպտոմատիկ վարակները կարող են արդեն իսկ տեղի ունեցած լինել մարդկային բնակչության շրջանում, ինչը ընդգծում է զոոնոտիկ փոխանցման հնարավոր, բայց նախկինում չհայտնաբերված ուղին:

  3. Տարբեր տեսակների միջև փոխանցման դինամիկա

  Միջտեսակային փոխանցման վերլուծությունը ցույց տվեց, որ կրծողները կենտրոնական դիրք են զբաղեցնում վիրուսների փոխանակման ցանցում՝ հանդես գալով որպես հիմնական հանգույցներ, որոնք նպաստում են վիրուսային փոխանակմանը տեր տեսակների միջև: Ընդհանուր առմամբ, 15 վիրուս է նույնականացվել որպես միջտեսակային փոխանցման ներուժ ունեցող:

  Խաչաձև փոխանցման օրինաչափությունների հետագա վերլուծությունը ցույց տվեց, որ վիրուսային փոխանակումն ավելի հաճախ է տեղի ունենում նույն տաքսոնոմիկ կարգի տերերի միջև, ինչը ենթադրում է, որ տերերի հետ կապվածությունը կարևոր դեր է խաղում փոխանցման դինամիկայում: Ի տարբերություն դրա, չղջիկները ցուցաբերել են խաչաձև փոխանցման համեմատաբար ցածր կարողություն:

  Կարևոր է նշել, որ որոշ վիրուսների մոտ նկատվել են տերերի տարածման տիրույթի ընդլայնման ապացույցներ: Օրինակ՝ այս ուսումնասիրության ընթացքում կրծողների մոտ հայտնաբերվել է նաև մելյան վիրուս, որը նախկինում համարվում էր հատուկ միայն գետնասկյուռներին, ինչը վկայում է տերերի հարմարվողականության հնարավոր փոփոխության և ավելի լայն տարածման ռիսկի աճի մասին:

  

  Եզրակացություններ և հանրային առողջության հետևանքներ

  • Վայրի մանր կաթնասունների մոտ վիրուսային բարձր բազմազանություն.39 ՌՆԹ վիրուսների, այդ թվում՝ 26 նոր տեսակների հայտնաբերումը բացահայտում է տարածաշրջանում վիրուսի մեծ պաշար և առաջին անգամ հաղորդում է բարձր զոոնոտիկ ներուժ ունեցող նոր վիրուսների մասին (օրինակ՝ չղջիկի լեդանտեվիրուս 2):
  • Կրծողները որպես առաջնահերթ հսկողության թիրախներ.Կրծողները հանդես են գալիս որպես վիրուսի փոխանցման հիմնական հանգույցներ և կրում են ամենաբարձր վիրուսային բազմազանությունը, ինչը ներկայացնում է վարակի տարածման ամենամեծ ռիսկը։
  • Ինտեգրված հսկողության ռազմավարությունների անհրաժեշտությունը.Արդյունքները նպաստում են ակտիվ հսկողության ծրագրերում կրծողներին առաջնահերթություն տալուն և մարդ-վայրի բնության փոխազդեցություններում մետագենոմիկայի, սերոլոգիայի և էկոլոգիական մոնիթորինգի համատեղ ինտեգրված մոտեցումների իրականացմանը։

  Ընդհանուր առմամբ, այս ուսումնասիրությունը կարևոր ապացույցներ է տրամադրում ի հայտ եկող զոոնոտիկ հիվանդությունների վաղ նախազգուշացման համակարգերի և ռիսկի գնահատման շրջանակների աջակցման համար՝ ընդգծելով բարձր ռիսկի տարածաշրջաններում նախաձեռնողական հսկողության կարևորությունը։

  Արտադրանքի մասին տեղեկատվություն